گروه $R$ در آمینواسیدهای مختلف، متفاوت است و ویژگی‌های منحصر به فرد هر آمینواسید به آن بستگی دارد. برای آغاز تشکیل ساختار سوم، بین گروه‌های $R$ آمینواسیدها، پیوندهای آب‌گریز ایجاد می‌شود. بررسی سایر گزینه‌ها: 2) گروه‌های $R$ آمینواسیدها در تشکیل پیوندهای پپتیدی شرکت نمی‌کنند، بلکه این گروه‌های کربوکسیل و آمینی هستند که موجب تشکیل پیوند پپتیدی می‌شوند. نکته: در هنگام تشکیل پیوند پپتیدی گروه کربوکسیل، $OH$ و گروه آمینی، $H$ آزاد کرده به این ترتیب مولکول آب تشکیل می‌شود. 3) با توجه به شکل 19 صفحه‌ی 17 کتاب زیست‌شناسی (3)، پیوند هیدروژنی در ساختار دوم بین گروه کربوکسیل و آمینی تشکیل می‌شود. 4) هر آمینواسید می‌تواند در شکل‌دهی پروتئین مؤثر باشد و تأثیر آن به ماهیت شیمیایی گروه‌های $R$ بستگی دارد.