تپه‌های باستانی نیز یکی دیگر از مکان‌های مهم باستا‌ن‌شناختی به شمار می‌روند. هنگامی که در دوره‌های زمانی مختلف به تناوب مردمانی در یک مکان سکونت نمایند، به تدریج چند لایۀ باستانی روی هم قرار می‌گیرند. تاکنون شمار زیادی از این تپه‌ها در ایران شناسایی و حفاری شده‌اند.