پس از تشکیل باکتری دارای دیسک نوترکیب، مرحله‌ی جداسازی یاخته‌های تراژنی انجام می‌شود. در این مرحله به‌ترتیب این موارد رخ می‌دهد: - بیان ژن مقاومت به پادزیست (اتصال رنابسپاراز به راه‌انداز ژن مقاومت به پادزیست) - وارد کردن پادزیست به محیط کشت باکتری‌ها و جداسازی یاخته‌های تراژنی از یاخته‌های غیرتراژنی (بروز حساسیت در باکتری‌های فاقد دنای نوترکیب) بعد از این مرحله، باکتری‌های تراژنی در محیط کشت تکثیر می‌شوند و هم‌زمان ژن خارجی همانندسازی می‌شود.