منظور صورت سؤال، ساختار سوم پروتئین‌ها است. اولین سطح ساختاری پروتئین‌ها که در آن، ساختار سه‌بعدی پروتئین شکل می‌گیرد و با تاخوردگی بیش‌تر زنجیره‌هایی پلیپپتیدی، پروتئین به شکل کروی در می‌آید. بررسی سایر گزینه‌ها: 2) آغاز تشکیل ساختار سوم پروتئین‌ها در نتیجه‌ی ایجاد پیوند آب‌گریز است و این پیوندهای اشتراکی، یونی و هیدروژنی هستند که موجب تثبیت این ساختار می‌شوند. 3) این ساختار اول است که در تعیین سایر ساختارهای پروتئین‌ها مؤثر است. 4) ساختار نهایی برخی مولکول‌های پروتئینی نظیر پروتئین‌های منافذ غشایی، ساختار دوم است. در این مولکول‌های پروتئینی امکان مشاهده‌ی ساختار سوم وجود ندارد.