در سیانوباکتری دو نوع تثبیت مشاهده می‌شود: الف) تثبیت نیتروژن که طی آن ${{N}_{3}}$ به یون آمونیوم تبدیل می‌شود.ب) تثبیت کربن دی‌اکسید که طی آن از کربن دی‌اکسید مادهٔ آلی ساخته می‌شود. سیانوباکتری فاقد اندامک است.