فلسفه علوم طبیعی دانش‌های تجربی را در مقابل خود قرار می‌دهد و در آن‌ها به تعمق می‌پردازد تا مبادی و نقاط اتکای آن علوم و همچنین روش‌هایی را که آن‌ها به‌کار می‌گیرند، بررسی و تبیین عقلانی کند. بنابراین فلسفهٔ علوم طبیعی معمولاً وارد مباحث این علوم نمی‌شود و این علوم هم از مبانی فلسفی خود بحثی نمی‌کنند و تفکیک روشنی بین فلسفه و علم وجود دارد، اما در رشته‌های مختلف علوم انسانی، مانند روان‌شناسی، جامعه‌شناسی، اقتصاد و حقوق، نظریات دانشمندان بسته  به اینکه چه تصوری از انسان داشته باشند، با یکدیگر فرق می‌کند.