جداسازی یاخته‌های تراژنی از سایر یاخته‌های دیگر، آخرین مرحلهٔ مهندسی ژنتیک می‌باشد که به روش‌های مختلفی صورت می‌گیرد. یکی از این روش‌ها استفاده از دیسکی است که حاوی ژن مقاومت به پادزیستی مانند آمپی‌سیلین است. در صورتی که باکتری دنای نوترکیب را جذب کرده باشد، در محیط حاوی پادزیست (آنتی‌بیوتیک) رشد می‌کند. در غیر این صورت، باکتری‌های فاقد دنای نوترکیب به دلیل حساسیت به پادزیست (انتی‌بیوتیک) در این محیط از بین می‌روند.