هسته ی اتم، با اینکه اندازه ای بسیار کوچک تر از اتم دارد، تعیین کننده جرم اتم است؛ زیرا پروتون ها و نوترون ها در آن جای دارند. اندازه هسته 10000 تا 100000برابر کوچک تر از خود اتم است.